Bunu anlamanın bir çok yolu var. Örneğin: Bilgisayarımızda Kontrolümüz Dışında Çalışmalar Oluyorsa: İnternetteyken siz herhangi bir işlem yapmamanıza rağmen bilgisayarınız bir şeyler yüklemeye devam ediyor, CD kapağınız açılıp kapanıyor, mouseunuzun isteğinizin dışında hareket ediyor, ekranınıza resim veya yazılar geliyorsa.. Yani bilgisayarınızda sizin kontrolünüz dışında herhangi bir olay gerçekleşiyorsa bilgisayranızda trojan vardır diyebiliriz ama yinede bu kesindir diye bir yargı verilemez.
Anti Trojan Programı kullanmak: Bir anti trojan programıyla bilgisayarınızı scan ederek bilgisayarımızdaki trojanları bulabiliriz ancak genelde yeni çıkan trojanlar genelde bu tip programlarla bulunamıyor bu yüzden sürekli olarak programı resmi web sayfasından update etmekte yarar var. Bilgisayarımızda başlat (start) tuşundan programlar (programs) oradan da başlangıç (startup) tuşuna bastığımız zaman bilgisayarımızın açılışıyla birlikte çalısan programları görürüz eğer burada bizim kurmadığımız herhangi bir program varsa bu program bir trojan olabilir.
Diğer ve en kesin yöntemlerden birisi ise dos moduna geçip komut satırında ntstat -a yazmaktır bu komut sizin bilgisayarınız internette kimlerle hangi porta bağlı olduğunu gösterir eğer bu program bilgisayarınızda çalışmıyorsa herhangi bir problem yok eğer örneğin 0.0.0.0:12345 gibi bir sonuç veriyorsa bilgisayarınızda netbus isimli bir trojan vardır. Bunu nerden anladın diyorsanız trojanlar bilgisayarımıza bağlanmak için bilgisayarımızda ki portları kullanırlar trojanlar arasından netbus ise bilgisayarımıza bağlanmak için 12345 portunu kullanır. Bunun gibi daha birçok port üzerinden çalışan trojanlarla karşılaşmak mümkündür.